工欲善其事，必先利其器。ABclonal科学家经过长时间的打磨，开发了适用于FFPE样本的DNA提取、质量评估、文库构建、靶向捕获等一系列产品，可为客户提供一体化研究解决方案。
FFPE样本需要先进行脱蜡，常用的脱蜡试剂是二甲苯，易造成核酸片段化，且对人体有毒害作用。同时，FFPE样本中DNA分子与其它生物大分子（蛋白质、RNA）交联在一起，需要解除交联才能有效释放出DNA。ABclonal AFTSpin FFPE DNA Isolation Kit同时兼容二甲苯和无毒脱蜡液两种方法，可为实验人员提供更加安全的操作流程。试剂盒提供了优化的解交联步骤，能够高效释放DNA，释放出的DNA特异性地被离心柱中的硅胶膜结合，通过漂洗缓获得高纯度的DNA。整个提取过程只需 20 分钟(除消化时间)，得到的 DNA 可直接用于 PCR、qPCR、NGS等实验。
使用AFTSpin FFPE DNA Isolation Kit对各类型FFPE样本进行DNA抽提，使用Qubit进行浓度测定。结果显示不同样本均能高质量提取，且DNA总量均高于竞品。
NGS的建库和测序成本较高，因此，提取DNA不仅要总量高，质量比如完整性也尤其需要关注。因此，在建库之前需要对FFPE DNA进行更加全面和准确的质控。ABclonal FFPE DNA QC Kit包含针对4个不同大小目的产物的特异性引物，多重PCR扩增后直接进行电泳检测，根据PCR条带数量对DNA质量划分等级，根据精确分级灵活选择不同建库策略，提高文库制备成功率。同时，还可以根据分级为后续建库时PCR循环数提供指导，减少过度PCR扩增造成的假阳性。
使用FFPE DNA QC Kit对各类型FFPE样本进行QC质控，Human Blood gDNA作为阳性对照。根据PCR扩增的条带数量将样本划分为1-5等级。
| 条带数量 | 分级 | DNA总量30-200 ng | DNA总量5-30 ng | ||
|---|---|---|---|---|---|
| 建库策略 | PCR循环数 | 建库策略 | PCR循环数 | ||
| 4 | 1 | 常规/打断酶建库 | 6-9* | 单链DNA建库 | 9-12*** |
| 3 | 2 | 常规/打断酶建库 | 7-10* | 10-13*** | |
| 2 | 3 | 常规/打断酶建库 | 9-12* | 11-14*** | |
| 1 | 4 | 常规/打断酶建库 | 11-14** | 12-15*** | |
| 0 | 5 | 单链DNA建库 | 13-16*** | 13-16*** | |
在高通量测序过程中，文库质量是决定实验是否成功的关键因素。若文库质量不佳，则有可能影响结果的可靠性。同时，高质量的文库也是保障FFPE 样本检测成功的必要前提。为了适应FFPE样本建库成功率低，以及文库中reads 比对率低、高PCR Duplication rate、文库丰度低、高假阳性率等特点，ABclonal致力于测序建库试剂的升级和拓展，提供针对不同分级FFPE DNA样本高质量的文库制备方案。
ABclonal Rapid Plus DNA Lib Prep Kit for Illumina V2（RK20255）是一款升级的DNA文库制备试剂盒，搭配独特的DNA损伤修复模块II（DDRE II），能够修复FFPE样本中损伤的DNA，提高文库构建的成功率和文库产量，同时并不会增加测序的假阳性，从而实现对FFPE DNA样本进行有效分析。该试剂盒除了兼容常规超声打断的DNA，也可以适配酶法打断的DNA建库，酶法打断相比超声文库产量更高，同时可以确保不同类型样本（如FFPE,cf/ctDNA）使用相同的建库试剂盒。
试剂盒中的 Damaged DNA Repair Enzymes II（DDRE II）显著提高了文库产量，尤其对于低质量的FFPE DNA样本，产量提升了2.5倍！
ABclonal Rapid Plus DNA Lib Prep Kit for Illumina V2搭配DNA Frag Module，相比超声打断显著提高文库产量。
目标序列捕获测序是目前基因组学研究中的一个热点技术，仅对感兴趣的基因组区域进行富集测序，不仅能够有效降低测序成本，还可以对目标区域进行深度测序，增加了目标区域内遗传变异的检测灵敏度和准确性，可以一次性检测单核苷酸变异、易位、结构变异、插入和缺失及拷贝数变异等。为个体靶向治疗，免疫治疗及术后复发监控等临床应用提供指导。ABclonal靶向捕获试剂可用于Illumina测序平台，试剂经过精心优化，具有高灵敏性和特异性，可用于各种致病基因的研究以及健康筛查等。
